В 2018 году в Медицинском университете Караганды проведена внешняя оценка результативности системы менеджмента качества университета Ассоциацией по сертификации «Русский регистр» в области:

-  разработки и предоставления образовательных услуг в сфере высшего и послевузовского профессионального образования в области медицины, в том числе по экспериментальным образовательным программам;

-  оказания лечебно-диагностических услуг;

-  проведения научных исследований;

-  предоставления библиотечно-информационных услугам;

-  справочно-библиографического обслуживания;

-  управления фондом учебной и научной литературы;

-  клинических исследований лекарственных средств, изделий медицинского назначения и медицинской техники.

Сертификация пройдена успешно с выдачей сертификата подтверждения соответствия стандарту ISO 9001:2015.

В ноябре 2018 года был пройден инспекционный аудит  Ассоциацией по сертификации «Русский регистр». в 2020 году прошел ресертификацию в Ассоциации по сертификации «Русский регистр» (Россия).

По результатам внешней оценки системы менеджмента качества Медицинского университета Караганды вынесено положительное решение, что университет установил и поддерживает систему менеджмента качества в соответствии с требованиями стандарта и продемонстрировал способность системы систематически достигать согласованные требования к услугам в рамках области применения системы.